Skalotteløg tager omkring 90-120 dage at modne. Når de har nået den ønskede størrelse, og løvet begynder at visne, kan høsten begynde. En varm, tør dag er særdeles velegnet til dette.

Det rigtige høsttidspunkt
I august begynder skalotteløgsbladene at visne. De grønne skud mister deres friske farve, bliver gule og tørrer ud. Skalotteløget er nu færdigmodnet og kan tages op af jorden. Et sikkert tegn på modenhed er at tjekke halsen på løget. Kan skalotteløget meget let presses sammen med tommel- og pegefinger, er den moden.
At træde over løvet
En foranstaltning, der stadig ofte udføres i dag, er at træde over de grønne løg. Dette skal fremskynde modningsprocessen. Det modsatte er dog tilfældet. Skalotteløgene modnes ikke, når de vendes, og deres holdbarhed påvirkes negativt.
Den eneste nødvendige handling er fjernelse af knopper, som lejlighedsvis kan udvikle sig. Blomsterbundene bør fjernes, ellers vil planten lægge sin energi ind i blomsten i stedet for løget.
Høsten
Når løgbladene er visnet, kan høsten begynde. Vælg en tør, solrig dag og træk skalotteløgene op af den tørre jord ved bladene. Selvom løgene er relativt tørre, skal de bruge lidt tid på at tørre færdig. For at gøre dette bindes flere planter altid sammen og hænges op på et luftigt og tørt sted.
Selvom vejret er køligt og fugtigt, skal skalotteløgene fjernes fra jorden, ellers begynder de at rådne. Hvis løgene er fugtige, når de høstes, skal så meget jord som muligt rystes af. Den endelige tørring tager så som regel lidt længere tid.
Opmagasinering
De nyhøstede skalotteløg bindes til flere planter og hænges op til tørre et tørt, luftigt sted. Efter et par dage er løgene så tørre, at blade og skind rasler. Nu kan de fjernes og opbevares.
For at gøre dette rystes den overskydende jord af, og de tørre blade skæres af op til cirka 5 cm over løget. Løgets hals, som forbliver oprejst, forhindrer udseendet af hovedråd under opbevaring, hvilket fuldstændig ødelægger løget.